Chủ sở hữu

AllenNeuralDynamics

Đã lập chỉ mục 236 kho mã nguồn · Xem trên GitHub

aind-ephys-pipeline
AIND pipeline for processing extracellular electrophysiology data

Nextflow · 41 star
aind-data-schema
A library that defines AIND data schema and validates JSON.

Python · 34 star
openscope-community-predictive-processing
This repository serves as a hub for community-driven contributions, documentation, and project tracking of the OpenScope Predictive Proce...

Python · 26 star
aind-ephys-spikesort-kilosort25-full
CodeOcean capsule for full electrophysiology analysis pipeline using Kilosort2.5 via SpikeInterface.

Python · 14 star
aind-large-scale-cellpose
Large-scale cell segmentation with cellpose.

Python · 10 star
Rhapso
An open-source Python toolkit for large-scale fluorescence microscopy data alignment and fusion.

Python · 9 star
dynamic-foraging-task
Bonsai/Harp workflow for Dynamic Foraging with Python GUI for visualization and control

Python · 7 star
aind-smartspim-pipeline
Repository that hosts the SmartSPIM pipeline code

Nextflow · 6 star
TigerASI
a lightweight python interface for ASI brand Tiger Controllers

Python · 5 star
wavpack-numcodecs
Numcodecs implementation of the WavPack audio codec

C · 5 star
anivia
Fork of VGG VIA to better support annotation of animal pose images

JavaScript · 4 star
harp.device.treadmill-driver
0326: a Harp-compatible device for controlling an instrumented mouse treadmill

Jupyter Notebook · 4 star
voxel-classic
General purpose microscope control repository

Python · 4 star
view
Model/View for exa-spim

Python · 4 star
harp.device.lickety-split
0360: an ephys-compliant capacitive lick detector

C++ · 4 star
runze-control
Python Driver for Aurora Pro Scientific (aka Runze Fluid) syringe pumps

Python · 4 star
parallax
Automatic detection of probe position from multiple camera views

Python · 4 star
aind-SmartSPIM-segmentation
segmentation module for SmartSPIM cloud pipeline

Python · 4 star
aind-smartspim-stitch
Stitching and fusion pipeline in the cloud

Python · 4 star
aind-smartspim-ccf-registration
Registration of lightsheet whole brain images to the Allen CCF V3 Atlas

Python · 4 star
Còn 216 kho mã nguồn nữa trên Xem trên GitHub

Đang mở Tất cả

Đã lập chỉ mục 1400 issue đang mở

Memory error during large file QC Đang mở

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-rig-qc#5 · 3 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Factor out compute/plotting/saving in `align_timestamps` functions Đang mở

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-rig-qc#6 · 1 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
The number of start times must equal the number of Harp times Đang mở

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-rig-qc#8 · 3 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Make a release Đang mở

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-rig-qc#10 · 1 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Allow smoother interpolation between anchor points Đang mở

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-rig-qc#11 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Convert figures to images before embedding in the PDF Đang mở

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-rig-qc#12 · 1 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Synchronize streams without continuous data Đang mở

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-rig-qc#13 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Create a JSON file with `aind-data-schema`-compliant QC metrics Đang mở

AllenNeuralDynamics/aind-ephys-rig-qc#14 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Make SlimsBaseModel objects print nicely Đang mở

AllenNeuralDynamics/aind-slims-api#42 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Automate the generation of unit test json returns Đang mở

AllenNeuralDynamics/aind-slims-api#43 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
UnitSpec actual unit value Đang mở

AllenNeuralDynamics/aind-slims-api#47 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Configurable domain Đang mở

AllenNeuralDynamics/aind-slims-api#48 · 5 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Add fields to Mouse object Đang mở

AllenNeuralDynamics/aind-slims-api#68 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Planning Notes Đang mở

AllenNeuralDynamics/aind-dynamic-foraging-multisession-analysis#2 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Consider moving this repo into aind-dynamic-foraging-basic-analysis Đang mở

AllenNeuralDynamics/aind-dynamic-foraging-multisession-analysis#3 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Load NWBs in parallel Đang mở

AllenNeuralDynamics/aind-dynamic-foraging-multisession-analysis#5 · 3 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Empty classes could be creating unnecessary layers Đang mở

AllenNeuralDynamics/aind-behavior-curriculum#29 · 3 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Creating parameters in a simple way Đang mở

AllenNeuralDynamics/aind-behavior-curriculum#30 · 7 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Why do we need Stage and Task objects? Đang mở

AllenNeuralDynamics/aind-behavior-curriculum#31 · 2 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Architectural class diagram Đang mở

AllenNeuralDynamics/aind-behavior-curriculum#32 · 11 bình luận · 1 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Dynamic Routing Task Regimen Curriculum reimplementation user experience Đang mở

AllenNeuralDynamics/aind-behavior-curriculum#34 · 1 bình luận · 1 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Export requires graphviz Đang mở

enhancement

AllenNeuralDynamics/aind-behavior-curriculum#35 · 4 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Trainer registers subjects with Metric Đang mở

AllenNeuralDynamics/aind-behavior-curriculum#36 · 1 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Add "script" string field to `Stage` Đang mở

AllenNeuralDynamics/aind-behavior-curriculum#46 · 4 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Defered type annotations can't be validated Đang mở

blocked bug help wanted

AllenNeuralDynamics/aind-behavior-curriculum#68 · 2 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Consider adding 'global' variables to curriculum. Đang mở

enhancement

AllenNeuralDynamics/aind-behavior-curriculum#71 · 2 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Consider falling back to pydantic `validate_call` Đang mở

enhancement

AllenNeuralDynamics/aind-behavior-curriculum#74 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Consider improving callable (de)serialization using ImportString Đang mở

enhancement

AllenNeuralDynamics/aind-behavior-curriculum#75 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Update CICD to use uv Đang mở

enhancement

AllenNeuralDynamics/aind-behavior-curriculum#79 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Consider simplifying generics to be bound to TTask Đang mở

AllenNeuralDynamics/aind-behavior-curriculum#86 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Simplify Windows compatibility on thorlabs calibration example Đang mở

AllenNeuralDynamics/aaopto-aotf#3 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Power meter's acquisition wavelength is resetting to 635 with every new scan. Đang mở

AllenNeuralDynamics/aaopto-aotf#4 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Add Missing Commands: PZINFO, SCAN, etc Đang mở

AllenNeuralDynamics/TigerASI#2 · 1 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Add comments on Baud Rate Đang mở

AllenNeuralDynamics/TigerASI#3 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Get/Set Unit Multipler (UM) Đang mở

AllenNeuralDynamics/TigerASI#4 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
reset travel limit without args Đang mở

AllenNeuralDynamics/TigerASI#28 · 0 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
are all kwargs floats in _set_cmd_args_and_kwds ? Đang mở

AllenNeuralDynamics/TigerASI#29 · 0 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
PM command isn't working Đang mở

AllenNeuralDynamics/TigerASI#34 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Stage gets stuck on lower z axis Đang mở

AllenNeuralDynamics/TigerASI#35 · 1 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
TTL command not implemented correctly Đang mở

AllenNeuralDynamics/TigerASI#36 · 1 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
SCANR, SCANV, SCAN, and PZINFO must be card-addressed Đang mở

AllenNeuralDynamics/TigerASI#39 · 0 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Have to hardcode card number when setting TTLIn0Mode to MOVE_TO_NEXT_ABS_POSITION Đang mở

AllenNeuralDynamics/TigerASI#43 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
get_etl_temperature fails *sometimes* Đang mở

AllenNeuralDynamics/TigerASI#53 · 1 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Update Ring Buffer funcs to keep up with ASI updates Đang mở

AllenNeuralDynamics/TigerASI#58 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Invalid/corrupt metadata files Đang mở

Metadata

AllenNeuralDynamics/aind_data_outreach#17 · 3 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Thalmanac comprehensive pipeline Đang mở

Analysis

AllenNeuralDynamics/aind_data_outreach#34 · 1 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Video for generating metadata w/ pydantic Đang mở

documentation

AllenNeuralDynamics/aind_data_outreach#36 · 5 bình luận · 0 reaction · 3 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Compile list of intermediate/advanced tutorial topics Đang mở

documentation

AllenNeuralDynamics/aind_data_outreach#43 · 2 bình luận · 0 reaction · 4 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Specimen procedures have an extra field for "subject_id" with a different subject_id than the asset Đang mở

Metadata

AllenNeuralDynamics/aind_data_outreach#51 · 7 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Follow up on model metadata new schema usage Đang mở

Metadata

AllenNeuralDynamics/aind_data_outreach#53 · 0 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026

AllenNeuralDynamics

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn