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AllenNeuralDynamics
236 indexierte Repositories · Auf GitHub ansehen
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aind-ephys-pipeline
AIND pipeline for processing extracellular electrophysiology data
Nextflow · 41 Sterne
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aind-data-schema
A library that defines AIND data schema and validates JSON.
Python · 34 Sterne
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openscope-community-predictive-processing
This repository serves as a hub for community-driven contributions, documentation, and project tracking of the OpenScope Predictive Proce...
Python · 26 Sterne
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aind-ephys-spikesort-kilosort25-full
CodeOcean capsule for full electrophysiology analysis pipeline using Kilosort2.5 via SpikeInterface.
Python · 14 Sterne
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aind-large-scale-cellpose
Large-scale cell segmentation with cellpose.
Python · 10 Sterne
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Rhapso
An open-source Python toolkit for large-scale fluorescence microscopy data alignment and fusion.
Python · 9 Sterne
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dynamic-foraging-task
Bonsai/Harp workflow for Dynamic Foraging with Python GUI for visualization and control
Python · 7 Sterne
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aind-smartspim-pipeline
Repository that hosts the SmartSPIM pipeline code
Nextflow · 6 Sterne
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TigerASI
a lightweight python interface for ASI brand Tiger Controllers
Python · 5 Sterne
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wavpack-numcodecs
Numcodecs implementation of the WavPack audio codec
C · 5 Sterne
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anivia
Fork of VGG VIA to better support annotation of animal pose images
JavaScript · 4 Sterne
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harp.device.treadmill-driver
0326: a Harp-compatible device for controlling an instrumented mouse treadmill
Jupyter Notebook · 4 Sterne
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voxel-classic
General purpose microscope control repository
Python · 4 Sterne
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view
Model/View for exa-spim
Python · 4 Sterne
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harp.device.lickety-split
0360: an ephys-compliant capacitive lick detector
C++ · 4 Sterne
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runze-control
Python Driver for Aurora Pro Scientific (aka Runze Fluid) syringe pumps
Python · 4 Sterne
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parallax
Automatic detection of probe position from multiple camera views
Python · 4 Sterne
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aind-SmartSPIM-segmentation
segmentation module for SmartSPIM cloud pipeline
Python · 4 Sterne
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aind-smartspim-stitch
Stitching and fusion pipeline in the cloud
Python · 4 Sterne
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aind-smartspim-ccf-registration
Registration of lightsheet whole brain images to the Allen CCF V3 Atlas
Python · 4 Sterne
- 216 weitere Repositories liegen auf Auf GitHub ansehen
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AllenNeuralDynamics/aind-data-transfer#201 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/Aind.Behavior.Device.WaterTuner#8 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/aind-single-plane-ophys-pipeline#3 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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add zdrift metrics Offen
AllenNeuralDynamics/aind-multiplane-ophys-pipeline#43 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/modular-insertion-system#1 · 4 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/aind-spot-get-multichannel#2 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/aind-spot-get-multichannel#3 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/aind-z1-stitching-qc#1 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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New Stitching QC metric Offen
AllenNeuralDynamics/aind-z1-stitching-qc#2 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/aind-z1-stitching-qc#3 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/aind-z1-stitching-qc#4 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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Add auth Offen
AllenNeuralDynamics/aind-neuroglancer-game#3 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/aind-neuroglancer-game#42 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/aind-neuroglancer-game#45 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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Code Cleanup Offen
AllenNeuralDynamics/harp.device.environment-sensor#1 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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1.0 PCB Self-Heating Offen
AllenNeuralDynamics/harp.device.environment-sensor#2 · 4 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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1.1 (MVP) TODOs Offen
AllenNeuralDynamics/harp.device.environment-sensor#3 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/harp.device.environment-sensor#6 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/harp.device.environment-sensor#12 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/harp.device.environment-sensor#14 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/harp.device.environment-sensor#17 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/harp.device.environment-sensor#19 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/aind-z1-spot-detection#3 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 2 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/aind-z1-spot-detection#5 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/aind-z1-spot-detection#6 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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update processing to v2 Offen
AllenNeuralDynamics/aind-z1-spot-detection#7 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/aind-z1-spot-detection#8 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/PavlovianCond_Bonsai#6 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/PavlovianCond_Bonsai#7 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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Visualization Offen
AllenNeuralDynamics/PavlovianCond_Bonsai#13 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/PavlovianCond_Bonsai#20 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/PavlovianCond_Bonsai#23 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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Upload package to PYPI Offendeployment
AllenNeuralDynamics/aind-foraging-behavior-bonsai-automatic-training#11 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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Improve documents Offendocumentation
AllenNeuralDynamics/aind-foraging-behavior-bonsai-automatic-training#28 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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Add curriculum validator Offenenhancement
AllenNeuralDynamics/aind-foraging-behavior-bonsai-automatic-training#33 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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enhancement
AllenNeuralDynamics/aind-foraging-behavior-bonsai-automatic-training#52 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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Improve viz Offenenhancement
AllenNeuralDynamics/aind-foraging-behavior-bonsai-automatic-training#58 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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Add bias to the metrics Offenenhancement
AllenNeuralDynamics/aind-foraging-behavior-bonsai-automatic-training#64 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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Update readme Offendocumentation
AllenNeuralDynamics/aind-analysis-arch-pipeine-dynamic-foraging#3 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/aind-analysis-arch-pipeine-dynamic-foraging#4 · 3 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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Set "required parameter" Offen
AllenNeuralDynamics/auto-app-panel#1 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/dynamic-foraging-data-cleanup#1 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/dynamic-foraging-data-cleanup#2 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/drxai2#1 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/aind-proteomics-stitch#3 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/aind-proteomics-stitch#5 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/aind-proteomics-stitch#6 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/aind-proteomics-stitch#11 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/aind-exaSPIM-pipeline-utils#10 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/aind-exaSPIM-pipeline-utils#17 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·