AllenCell/allencell-segmenter-ml

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Napari plugin for ml segmentation

星號: 5
分支: 3
開放的新手 issue: 0
已索引 issue: 171

主要語言: Python
授權條款: 沒有授權條款資料
最近 GitHub push: 2025年9月22日
最近索引: 2026年9月13日
貢獻指南: 沒有貢獻指南
行為準則: 沒有行為準則
新手標籤: 沒有已索引的新手標籤
PR 合併指標: 30 天內沒有已合併 PR

未關閉全部

目前已索引 171 個未關閉的 Issue

V2 _ Change popup modal for home directory to main screen 未關閉

UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#297 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日
Error reporting from training thread 未關閉

🚨 high priority🚨 refactor

AllenCell/allencell-segmenter-ml#305 · 2 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 2 人 · 索引於 2026年9月13日
Training/Prediction Demo 未關閉

AllenCell/allencell-segmenter-ml#309 · 2 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日
Suggest predefined patch sizes 未關閉

AllenCell/allencell-segmenter-ml#312 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月13日
Only enable next button when current is also finished 未關閉

AllenCell/allencell-segmenter-ml#314 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日
Refactor training: check user inputs right after train_btn pressed 未關閉

low priority refactor

AllenCell/allencell-segmenter-ml#315 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月13日
Viewer DS optimization 未關閉

AllenCell/allencell-segmenter-ml#316 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月13日
View mapping in curation widget 未關閉

AllenCell/allencell-segmenter-ml#319 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月13日
Make curation service testable 未關閉

AllenCell/allencell-segmenter-ml#320 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日
Investigate radio button behavior and best practices 未關閉

AllenCell/allencell-segmenter-ml#321 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月13日
User defined Patch Sizes 未關閉

🚨 high priority🚨

AllenCell/allencell-segmenter-ml#322 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日
Viewer image naming utils class 未關閉

low priority

AllenCell/allencell-segmenter-ml#323 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日
Change training to use NapariThreadTaskExecutor instead of ChannelExtractionThread. 未關閉

low priority refactor

AllenCell/allencell-segmenter-ml#331 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日
[training] Remove spatial dims selection. Display to user and update UI when we know the spatial dims of their dataset 未關閉

low priority

AllenCell/allencell-segmenter-ml#333 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 2 人 · 索引於 2026年9月13日
(Tentative) Deprecate image loader 未關閉

refactor

AllenCell/allencell-segmenter-ml#335 · 2 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月13日
Finish input view tests 未關閉

AllenCell/allencell-segmenter-ml#338 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日
Create a way for the user to change their home directory 未關閉

low priority

AllenCell/allencell-segmenter-ml#341 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日
General: what happen after a crash? 未關閉

AllenCell/allencell-segmenter-ml#345 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月13日
Main screen: what happens if a user accidentally names their new model the same name as an existing one? 未關閉

AllenCell/allencell-segmenter-ml#346 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月13日
Set up PyPI trusted publisher 未關閉

🚨 high priority🚨

AllenCell/allencell-segmenter-ml#362 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月13日
[curation] [multi-channel support] Only load selected channels during curation image loading 未關閉

needs prioritization

AllenCell/allencell-segmenter-ml#365 · 1 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日
All segmentations need to be dispayed as label layer 未關閉

needs prioritization

AllenCell/allencell-segmenter-ml#366 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日
[1.1]create function to copy state dict for model weights 未關閉

AllenCell/allencell-segmenter-ml#367 · 1 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日
[1.1] give user option to select an existing model to pull weights from 未關閉

AllenCell/allencell-segmenter-ml#368 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月13日
[1.2] test megaseg and models trained on other systems 未關閉

AllenCell/allencell-segmenter-ml#369 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日
[1.2] set up s3 bucket to host megaseg 未關閉

AllenCell/allencell-segmenter-ml#370 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日
prediction channel selection fix 未關閉

🚨 high priority🚨

AllenCell/allencell-segmenter-ml#371 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日
Multi-channel segmentations 未關閉

🚨 high priority🚨

AllenCell/allencell-segmenter-ml#374 · 2 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日
Display progress during first epoch 未關閉

🚨 high priority🚨

AllenCell/allencell-segmenter-ml#379 · 1 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月13日
Display loss metrics during training 未關閉

medium priority

AllenCell/allencell-segmenter-ml#380 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日
Enforce no timeseries images for curation/training/prediction 未關閉

🚨 high priority🚨

AllenCell/allencell-segmenter-ml#381 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日
Allow timeseries via config 未關閉

needs prioritization

AllenCell/allencell-segmenter-ml#382 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月13日
disable save csv button initially 未關閉

AllenCell/allencell-segmenter-ml#383 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日
Curation config / channel selection persistence 未關閉

medium priority

AllenCell/allencell-segmenter-ml#386 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日
General refactor to align with curation 未關閉

low priority refactor

AllenCell/allencell-segmenter-ml#389 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月13日
Lint for type hints 未關閉

low priority

AllenCell/allencell-segmenter-ml#390 · 2 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日
Prediction inputs need to be directories only 未關閉

bug

AllenCell/allencell-segmenter-ml#394 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日
No feedback when channel extraction fails 未關閉

bug

AllenCell/allencell-segmenter-ml#395 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日
Refactor: use built-in types as annotations where available 未關閉

low priority refactor

AllenCell/allencell-segmenter-ml#399 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月13日
Auto-load csv when switching from curation to training 未關閉

🚨 high priority🚨

AllenCell/allencell-segmenter-ml#400 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日
multiple segmentations on curation should be displayed as different colors 未關閉

🚨 high priority🚨

AllenCell/allencell-segmenter-ml#401 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日
Images loaded during curation should not be visible during training/prediction. 未關閉

🚨 high priority🚨 bug

AllenCell/allencell-segmenter-ml#402 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日
Refactor state management for main tabs 未關閉

refactor

AllenCell/allencell-segmenter-ml#404 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 3 人 · 索引於 2026年9月13日
[1.2] Allow model downloads from s3 bucket 未關閉

🚨 high priority🚨

AllenCell/allencell-segmenter-ml#411 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日
Bug: invalid literal for int() with base 10: '' 未關閉

🚨 high priority🚨 bug

AllenCell/allencell-segmenter-ml#424 · 1 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日
Method for releasing tag to PyPI 未關閉

🚨 high priority🚨

AllenCell/allencell-segmenter-ml#425 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日
Warning when dependencies change on release 未關閉

low priority

AllenCell/allencell-segmenter-ml#426 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月13日
Training service tests 未關閉

medium priority

AllenCell/allencell-segmenter-ml#430 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日
UI/UX: Styling: Update buttons' color 未關閉

🚨 high priority🚨 UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#432 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日
UI/UX: Spacing 未關閉

🚨 high priority🚨 UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#433 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月13日

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