AllenCell/allencell-segmenter-ml

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Napari plugin for ml segmentation

Étoiles: 5
Forks: 3
Issues débutants ouvertes: 0
Issues indexées: 171

Langage dominant: Python
Licence: Aucune donnée de licence
Dernier push GitHub: 22/9/2025
Dernière indexation: 13/9/2026
Guide de contribution: Aucun guide de contribution
Code de conduite: Aucun code de conduite
Labels débutants: Aucun label débutant indexé
Métriques de merge des PR: Aucune PR mergée en 30 j

Ouverte Toutes

171 issues ouvertes indexées

Determine remote GPU feasability Ouverte

AllenCell/allencell-segmenter-ml#11 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 13/9/2026
Run napari from Ubuntu EC2 instance Ouverte

blocked

AllenCell/allencell-segmenter-ml#86 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 13/9/2026
Napari integration test Ouverte

AllenCell/allencell-segmenter-ml#100 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 13/9/2026
cyto-dl client integration tests Ouverte

AllenCell/allencell-segmenter-ml#162 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 13/9/2026
Create way to download sample data from cyto-dl for users Ouverte

AllenCell/allencell-segmenter-ml#170 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 13/9/2026
Enable publish workflow to edit itself to list current version Ouverte

AllenCell/allencell-segmenter-ml#190 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 13/9/2026
Improve handling of napari viewer events in prediction Ouverte

AllenCell/allencell-segmenter-ml#201 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 13/9/2026
Move I/O operations to worker threads Ouverte

AllenCell/allencell-segmenter-ml#204 · 2 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 13/9/2026
Explore alternative solutions for channel extraction multithreading Ouverte

low priority refactor

AllenCell/allencell-segmenter-ml#205 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 13/9/2026
Fix workflow file issues with deployment Ouverte

AllenCell/allencell-segmenter-ml#210 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 13/9/2026
Refactor prediction checklist to avoid thread interrupts Ouverte

AllenCell/allencell-segmenter-ml#218 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 13/9/2026
Disable structure size/image dimension inputs when continuing training Ouverte

low priority

AllenCell/allencell-segmenter-ml#221 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 13/9/2026
Curation UI blocks while loader initializes Ouverte

AllenCell/allencell-segmenter-ml#223 · 1 commentaire · 0 réactions · 1 personne assignée · Indexée le 13/9/2026
Support all types of training inputs Ouverte

wontfix

AllenCell/allencell-segmenter-ml#225 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 13/9/2026
Curation save csv button Ouverte

🚨 high priority🚨

AllenCell/allencell-segmenter-ml#227 · 1 commentaire · 0 réactions · 1 personne assignée · Indexée le 13/9/2026
Curation requirement experiment name Ouverte

duplicate wontfix

AllenCell/allencell-segmenter-ml#229 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 13/9/2026
Test using pyside Ouverte

🚨 high priority🚨

AllenCell/allencell-segmenter-ml#230 · 0 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée · Indexée le 13/9/2026
Refactor: move all module-level methods into Classes as staticmethods Ouverte

low priority refactor

AllenCell/allencell-segmenter-ml#231 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 13/9/2026
Use cyto-dl overrides manager to generate overrides for prediction Ouverte

low priority refactor

AllenCell/allencell-segmenter-ml#234 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 13/9/2026
Single curation mask layer Ouverte

🚨 high priority🚨 bug

AllenCell/allencell-segmenter-ml#248 · 0 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée · Indexée le 13/9/2026
test cyto-dl latest fixes Ouverte

🚨 high priority🚨

AllenCell/allencell-segmenter-ml#250 · 1 commentaire · 0 réactions · 1 personne assignée · Indexée le 13/9/2026
Reorder the module tabs Ouverte

medium priority UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#255 · 0 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée · Indexée le 13/9/2026
Update the model selection section's text Ouverte

medium priority UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#256 · 0 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée · Indexée le 13/9/2026
Curation UI: Update Progress section Ouverte

🚨 high priority🚨 UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#261 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 13/9/2026
Enable [+Create] button for Excluding Mask Ouverte

🚨 high priority🚨 needs clarification UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#262 · 3 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée · Indexée le 13/9/2026
Curation UI: set colormap & blending mode for images loaded in the viewer by the Curation UI Ouverte

🚨 high priority🚨 UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#263 · 2 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée · Indexée le 13/9/2026
Curation UI: Add feedback message at the end of the curation Ouverte

🚨 high priority🚨 UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#265 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 13/9/2026
Curation UI: load only structure channel in the raw image if the image is a multi-channel file Ouverte

needs clarification UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#266 · 2 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 13/9/2026
Curation UI: Behaviors related to [Delete] mask button click Ouverte

medium priority needs clarification UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#267 · 1 commentaire · 0 réactions · 1 personne assignée · Indexée le 13/9/2026
Bug: Curation UI: [raw] image loaded incorrectly Ouverte

bug needs clarification UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#268 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 13/9/2026
Curation UI: Mask section updates Ouverte

medium priority UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#269 · 0 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée · Indexée le 13/9/2026
UX: Curation UI: Make [Save] mask button more prominent Ouverte

UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#270 · 1 commentaire · 0 réactions · 2 personnes assignées · Indexée le 13/9/2026
Curation UI: Design: Add [Save Progress] function to save out CSV Ouverte

medium priority UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#271 · 4 commentaires · 0 réactions · 2 personnes assignées · Indexée le 13/9/2026
Training UI: Update Training Images section Ouverte

medium priority UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#272 · 2 commentaires · 0 réactions · 2 personnes assignées · Indexée le 13/9/2026
UX: Training UI: Display model stats upon training completion Ouverte

low priority UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#273 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 13/9/2026
Prediction UI: Remove Pre/Post Processing section Ouverte

🚨 high priority🚨 UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#274 · 1 commentaire · 0 réactions · 1 personne assignée · Indexée le 13/9/2026
UI/UX: Update text throughout the plugin Ouverte

🚨 high priority🚨 UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#275 · 1 commentaire · 0 réactions · 1 personne assignée · Indexée le 13/9/2026
TBD: Display result images from Prediction UI for on-screen image Ouverte

medium priority UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#276 · 1 commentaire · 0 réactions · 1 personne assignée · Indexée le 13/9/2026
UX: Test if models are platform dependent Ouverte

AllenCell/allencell-segmenter-ml#277 · 2 commentaires · 0 réactions · 2 personnes assignées · Indexée le 13/9/2026
Remove Channel Selection from Training & Curation UI for V1 Ouverte

UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#278 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 13/9/2026
Model Selection: Show/Hide tab modules depends on the user's selection Ouverte

🚨 high priority🚨 UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#279 · 1 commentaire · 0 réactions · 1 personne assignée · Indexée le 13/9/2026
Curation UI: add a warning if user closes the plugin Ouverte

medium priority UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#280 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 13/9/2026
Curation: generate test and validation csv Ouverte

🚨 high priority🚨 needs clarification

AllenCell/allencell-segmenter-ml#281 · 1 commentaire · 0 réactions · 1 personne assignée · Indexée le 13/9/2026
Training UI: warning message for CSV input Ouverte

needs prioritization UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#282 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 13/9/2026
Catch-all notes only Ouverte

AllenCell/allencell-segmenter-ml#284 · 0 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée · Indexée le 13/9/2026
Thao share training dataset w Brian Ouverte

AllenCell/allencell-segmenter-ml#285 · 0 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée · Indexée le 13/9/2026
Main screen: update disabled/hidden tabs state if a model has not been selected Ouverte

🚨 high priority🚨 UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#286 · 0 commentaires · 0 réactions · 2 personnes assignées · Indexée le 13/9/2026
Training requires filters override Ouverte

🚨 high priority🚨

AllenCell/allencell-segmenter-ml#289 · 0 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée · Indexée le 13/9/2026
Set num workers based on users # of available cores on cpu Ouverte

medium priority

AllenCell/allencell-segmenter-ml#290 · 0 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée · Indexée le 13/9/2026
Curation record list changed directly in model state Ouverte

low priority refactor

AllenCell/allencell-segmenter-ml#295 · 1 commentaire · 0 réactions · 1 personne assignée · Indexée le 13/9/2026

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