Missing file in the container
- 主要言語
- Python
- スター
- 50
- フォーク
- 12
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
説明
We are testing MIRACL-ACE workflow using the singularity container. So far unsuccessful.
We have found the following one file is missing in the container.
`output_dir/final_ctn_down_20_rca_voxel_size_25/clar_allen_reg/init_tform.mat`
`Error Output:
Initializing registration ...
antsAffineInitializer 3 output_dir/final_ctn_down_20_rca_voxel_size_25/clar_allen_reg/clar.nii.gz /code/atlases/ara/template/average_template_25um_OBmasked.nii.gz output_dir/final_ctn_down_20_rca_voxel_size_25/clar_allen_reg/init_tform.mat 1 1 0 500
kill: usage: kill [-s sigspec | -n signum | -sigspec] pid | jobspec ... or kill -l [sigspec]
initializing Allen template
antsApplyTransforms -i /code/atlases/ara/template/average_template_25um_OBmasked.nii.gz -r output_dir/final_ctn_down_20_rca_voxel_size_25/clar_allen_reg/clar.nii.gz -t output_dir/final_ctn_down_20_rca_voxel_size_25/clar_allen_reg/init_tform.mat -o output_dir/final_ctn_down_20_rca_voxel_size_25/clar_allen_reg/init_allen.nii.gz
file /code/atlases/ara/template/average_template_25um_OBmasked.nii.gz does not exist.
Transform file does not exist: output_dir/final_ctn_down_20_rca_voxel_size_25/clar_allen_reg/init_tform.mat
Exception caught of type 16ConvertException
Exception detail: Unable to read image output_dir/final_ctn_down_20_rca_voxel_size_25/clar_allen_reg/init_allen.nii.gz; IO factory cannot create IO object.`
コントリビューションガイド
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評価
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